ご質問の中に「３６協定違反として、罰則を受ける」という表現がありますが、「36協定」はもともと３６協定をし、労働基準監督署長に届け出た場合には、労働基準法第３２条の労働時間または同法第３５条の休日に関する規定にかかわらず、その協定で定めるところによって労働時間を延長し、または休日に労働させることができる（同法第３６条第１項）という規定です。

そのため、正確に言えば、「３６協定違反として、罰則を受ける」のではなく、３６協定の定めを超えて時間外労働をさせた場合には労働基準法第３２条に、休日労働をさせた場合には同法第３５条に、それぞれ違反することになります。

労働者派遣法第４４条第２項は「派遣中の労働者の派遣就業に関しては、派遣先の事業のみを、派遣中の労働者を使用する事業とみなして、労働基準法・・第３２条・・第３５条・・の規定並びに当該規定に基づいて発する命令の規定（これらの規定に係る罰則の規定を含む）を適用する」旨規定していますので、労働基準法第３２条または第３５条違反として、罰則を受けるのは、派遣先ということになります。

これは、現に派遣先で就業している派遣労働者についての労働時間や休日などの管理については、派遣先が責任を負うという考え方に基づくものです。

ただし、…